Amélioration du protocole d'analyse bioinformatique et identification par séquençage haut débit et analyse bioinformatique d'agents antagonistes de Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp en aquaponie

Abstract

L’aquaponie est un système de culture hors-sol combinant l’aquaculture et l’hydroponie. Cependant, ces systèmes manquent encore de moyens de lutte contre les pathogènes car la présence de poissons empêche un traitement avec des produits chimiques. Ces systèmes étant vulnérables aux agents pathogènes pouvant se propager dans l’eau, Pythium aphanidermatum constitue ainsi une menace importante pour ces systèmes. Dès lors, des moyens de lutte contournant les produits chimiques sont recherchés comme le recours à des agents de biocontrôles. De plus, un effet suppressif de l’eau aquaponique a été observé sur la croissance de cet agent phytopathogène. Cette étude se place donc dans cette problématique en cherchant à identifier des organismes présents dans cette eau aquaponique mais pas dans les eaux hydroponiques et aquaponiques complémentées. Cela permettrait d’expliquer cet effet suppressif et de pouvoir développer des agents de contrôle biologique efficaces contre ce pathogène. Dès lors, des échantillons de rhizoplane, rhizosphère et endosphère d’une expérience in vivo impliquant l’inoculation de P. aphanidermatum ont été récoltés. L’ADN de ces échantillons a ensuite été extrait, et les communautés bactériennes et fongiques ont été amplifiées par PCR en visant les régions V1-V3 de l’ARNr 16S et de l’ITS1 respectivement. Un séquençage haut-débit Illumina MiSeq a ensuite été réalisé. L’analyse des séquences en résultant a été réalisée grâce au logiciel QIIME 1.9.1. Les résultats montrent une forte différenciation au niveau des microbiotes de la rhizoplane et de la rhizosphère qui a permis de mettre en évidence des organismes qui pourraient avoir un effet antagoniste : Sphingobium, Agrobacterium, Microbacterium, Azospirillum, Bdellovibrio, Haliangiaceae, Rhodococcus, Lysobacter et Pseudomonas pour les communautés bactériennes et Catenaria, Pseudozyma et Penicillium pour les communautés fongiques.